A bacia do São Francisco é dividida em quatro regiões fisiográficas diferentes devido a sua extensão e os diferentes ambientes percorridos. Alto São Francisco que corresponde a 19% da área da bacia, partindo da nascente até a cidade de Pirapora em Minas Gerais, o Médio São Francisco, que vai de Pirapora até Remanso (BA), correspondendo a 55% da bacia; o Submédio São Francisco, que vai de Remanso até Paulo Afonso (BA) (24% da bacia); e o Baixo São Francisco,que vai de Paulo Afonso até a foz (7% da bacia).