O uso excessivo de água na agricultura irrigada resulta, em médio ou longo prazo, em problemas de salinidade do solo ou na elevação do lençol freático aos níveis críticos. Em ambos os casos a produtividade da atividade agrícola é comprometida e os danos ambientais são expressos. É um problema sério e as tecnologias e informações que o solucionam são base estruturadora de projetos de irrigação de caráter público ou privado.

No semi-árido nordestino, os estudos iniciais para implantação de sistemas de drenagem em áreas irrigadas foram desenvolvidas por pesquisadores da Embrapa Semi-Árido. Eles datam de 1976. Desta época aos dias atuais, as ações de pesquisa têm-se acentuado, com a mobilização de parcerias institucionais e apoio técnico e financeiro na equação do problema. Em linhas gerais, desenvolveu-se a avaliação das condições de salinidade e drenagem de alguns perímetros irrigados do Nordeste.

A Embrapa Semi-Árido também tem prestado assessoria e treinado técnicos de várias instituições na geração de tecnologias para o estudo de salinidade e drenagem. Algumas das propriedades agrícolas de melhor resultado produtivo no submédio São Francisco manejam seus sistemas de irrigação e drenagem de acordo com os resultados de pesquisa da Embrapa Semi-Árido.